لأداء صلاة الاستخارة كيفية معيّنة، تتمثل في الخطوات التالية:

١- الوضوء، ثمّ استحضار النية لأداء صلاة الاستخارة.

٢- صلاة ركعتين من غير الفريضة، ويُسنّ للمسلم أن يقرأ بالركعة الأولى بعد الفاتحة سورة الكافرون، وفي الركعة الثانية بعد الفاتحة سورة الإخلاص، ثمّ التسليم من الصلاة.

٣- الدعاء بعد الانتهاء من الصلاة، وذلك برفع العبد يديه لله تعالى، مستحضرًا الخشوع، ومستشعرًا قدرة الله تعالى، وعظمته.

٤- استهلال الدعاء بحمد الله والثناء عليه، ثمّ الصلاة على رسول الله صلّى الله عليه وسلّم، ثمّ البدء بقراءة دعاء الاستخارة الوارد في حديث النبي – صلّى الله عليه وسلّم-، حيث قال: (اللهمّ إني أَستخيرُك بعِلمِك، وأستقدِرُك بقُدرتِك، وأسألُك من فضلِك، فإنك تَقدِرُ ولا أقدِرُ، وتَعلَمُ ولا أَعلَمُ، وأنت علَّامُ الغُيوبِ، اللهم فإن كنتَُ تَعلَمُ هذا الأمرَ -ثمّ تُسمِّيه بعينِه- خيرًا لي في عاجلِ أمري وآجلِه -قال: أو في دِيني ومَعاشي وعاقبةِ أمري- فاقدُرْه لي ويسِّرْه لي، ثمّ بارِكْ لي فيه، اللهمّ وإن كنتَُ تَعلَمُ أنه شرٌّ لي في دِيني ومَعاشي وعاقبةِ أمري -أو قال: في عاجلِ أمري وآجلِه- فاصرِفْني عنه، واقدُرْ ليَ الخيرَ حيثُ كان، ثمّ رَضِّني به).

٥- تسمية الأمر وتحديده عند الوصول في الدعاء إلى قول: (اللهمّ فإن كنتَُ تَعلَمُ هذا الأمرَ)، ثم إكمال الدعاء إلى آخره، ثمّ ختم الدعاء بالصلاة على النبي صلّى الله عليه وسلّم، كما هو الأمر في بدايته، وبذلك تكون قد انتهت صلاة الاستخارة.

صلاة الاستخارة ليس لها وقتٌ مخصوص، فإنّّه يجوز للمسلم متى أهمَّهُ أمرٌ وأراد أن يطلب الخِيَرة من الله -عز وجل- لذلك الأمر أن يتوجَّه إليه بالصّلاة ويسأله حاجته، إلا إنَّ ذلك الجواز محصورٌ بأوقات الاستحباب والإباحة، فلا تُشرع صلاة الاستخارة في أوقات الكراهة.

أفضل وقت لصلاة الاستخارة، الثلث الأخير من الليل وقبل صلاة الفجر، لما روي عَنْ أَبِي هُرَيْرَةَ رَضِيَ اللَّهُ عَنْهُ: أَنَّ رَسُولَ اللَّهِ صَلَّى اللهُ عَلَيْهِ وَسَلَّمَ قَالَ: «يَنْزِلُ رَبُّنَا تَبَارَكَ وَتَعَالَى كُلَّ لَيْلَةٍ إِلَى السَّمَاءِ الدُّنْيَا حِينَ يَبْقَى ثُلُثُ اللَّيْلِ الآخِرُ يَقُولُ: مَنْ يَدْعُونِي فَأَسْتَجِيبَ لَهُ، مَنْ يَسْأَلُنِي فَأُعْطِيَهُ، مَنْ يَسْتَغْفِرُنِي فَأَغْفِرَ لَهُ» رواه البخاري (1145)، ومسلم (758).